Sada svatko može pomoći u razvoju terapija protiv Korona virusa!

Folding @ home (FAH ili F @ h) je raspodijeljeni računalni projekt za simulaciju dinamike proteina, uključujući proces nakupljanja proteina i pokrete proteina koji su uključeni u razne bolesti. Okuplja građane znanstvenike koji volontiraju simulacije dinamike proteina na svojim osobnim računalima. Uvidi u ove podatke pomažu znanstvenicima da bolje razumiju biologiju i pružaju nove mogućnosti za razvoj terapeutika. Za one koji su koristili Seti@Home priča je poznata, samo sada umjesto da tražimo vanzemaljace mi pomažemo u traženju lijekova.

Sada svatko može pomoći u razvoju terapija protiv Korona virusa!

30. ožujka objavili su:
“Uzbuđeni smo što ćemo najaviti novu seriju simulacija probira malih molekula. Sada se pokreće Folding @ home! Ove će simulacije pomoći u određivanju prioriteta koje će molekule sintetizirati i testirati COVID Moonshot s ciljem brzog razvoja novih terapija protiv SARS- CoV-2 glavna virusna proteaza.

Preko 1900 jedinstvenih prepunih malih molekula dizajnirano na DiamondMX fragmentu hitova do glavne virusne proteaze (Mpro) SARS-CoV-2 podneseno je projektu COVID Moonshot u samo nekoliko dana! Imajte na umu da se ovi novi projekti mogu izvoditi samo na procesorima. Oni nadopunjuju mnoge projekte Folding @ home COVID-19 koji se već pokreću na GPU-u i omogućuju svima da se pridruže kako bi pomogli u borbi protiv COVID-19.

Laboratoriji Voelz i Chodera surađuju s međunarodnim timom istraživača kako bi računalno pregledali potencijalne inhibitore glavne koronavirusne proteaze SARS-CoV-2 (poznate i kao SARS-CoV-2 MPro ili 3CL). Nakon što virus dospije u stanicu, kooptira translacijski stroj i stvara poliprotein (jedan dugački lanac aminokiselina) koji treba cijepiti na manje komade koji postaju funkcionalni dijelovi virusa. Glavna proteaza je virusni protein koji cijepa.

SARS-CoV-2 glavna virusna proteaza (Mpro) (pdbid: 6LU7)
Pravovremeni radovi kristalizacije s visokim propusnim djelovanjem projekta Diamond Light Source XChem identificirali su fragmente lijekova koji vežu proteazu, a sada je utrka u uporabi ovih početnih hitova kako bi se potaknuo računski prioritet spojeva za sintezu. Koristimo snagu Folding @ home – sada najvećeg superračunala na svijetu – za pregled desetina tisuća obećavajućih molekula koje su računski spojene s proteazom. Oni uključuju preko 6000 spojeva koji su osmišljeni i prijavljeni kao dio izazova COVID Moonshot.

Koristimo alkemijsku metodu izračunavanja slobodne energije koja se naziva poremećaj slobodne energije ili FEP kako bismo procijenili afinitet potencijalne molekule lijeka prema njegovom receptoru. FEP metode su vrlo skupe u usporedbi s drugim metodama poput pristajanja, ali s prednostima visoke točnosti i fizičkog uvida. Koristimo protokole vrlo slične onima korištenim u najnovijem SAMPL slijepom izazovu.
Proračun uključuje razdvajanje molekule lijeka (isključivanjem njegovih elektrostatskih i disperzijskih interakcija) od receptora i opet za molekulu u vodi. Na žalost, za ovu vrstu simulacija gledatelja Folding @ home nije mnogo jer se ne simulira protein. Koliko god se dosadni ovi projekti pojavljuju, imajte na umu da su oni apsolutno neophodni za naš uspjeh. ”

Ovdje možete pronaći verzije za distribucije sustava Windows, MacOS i Linux:
https://foldingathome.org/alternative-downloads/

Advert

ESD namještaj